Dans chaque pays, il y a des villages, que ce soit un petit ou un grand pays, avec ou sans force militaire. Il y a comme les pays, 3 types de village. Les 5 grands villages ninjas, les villages ninjas et les villages non ninjas. À noter que les 5 grands villages ninjas rentrent dans la catégorie des villages ninjas. Bref, ces 5 grands villages se situent dans les 5 grands pays. Les autres villages ninjas se situent un peu partout, généralement il en a 1 par pays. Tandis que les villages normaux se situent dans tous les pays, et il peut y en avoir plus d'un par pays. Il existe en tout cinq « grands pays », considérés comme les plus puissants et les plus influents. Chacun d'entre eux est dirigé par un seigneur féodal (daimyo). Tous possèdent un « village caché », sorte de village de garnison, où vivent et s'entraînent tous les ninjas du pays. Ces villages sont dirigés par un Kage qui est donc le chef des forces armées2. Ces pays portent tous le nom d'un des 5 élément. De manière générale, les 5 grand pays possèdent tous une garnison de ninjas spécial que l'on appelle « force spécial (ANBU) ».
Les 5 Grands Pays :