Ce jeu dispose de 3 modes principaux. En réalité, il ne s'agit pas vraiment de "modes" que l'on va choisir dans un menu comme on pourrait le penser, mais plutôt de façons de jouer qui vont influencer l'histoire.
Génocide: ce mode consiste à tuer un certain nombre d'ennemis dans chaque zone puis d'aller tuer le boss, sans jamais épargner qui que ce soit.
Neutre: ce mode consiste à jouer normalement, comme s'il s'agissait d'un rpg classique.
Pacifique: ce mode est le plus compliqué à obtenir puisqu'il faut finir le jeu en mode neutre puis le recommencer en ne tuant aucun ennemi et en performant une série d'actions bien précises.