Une des choses qui fait d'Undertale un jeu différent des autres est son système de combat assez inédit. Il s'agit d'un système en tour par tour ou chaque combat se déroule en 2 phases:
la 1ère phase où c'est au tour du joueur est composé de 4 choix: combat, action, objet ou clémence.
Dans la 2ème phase du combat, c'est au tour de l'ennemi d'attaquer mais, contrairement à de nombreux jeux de ce genre où tout est géré par des stats, ici vous contrôlez un coeur et devez éviter les attaques, ce qui rappelle le style des shoot 'em up.