Toute la ville assiste au concert de Green Day en plein milieu du lac, mais la pollution du lac fait chavirer la scène et le groupe meurt dans le lac.
Lors de la messe en hommage au groupe, Abraham Simpson se lève et entre en transe, il se met à prédire qu'une menace va s'abattre sur la ville en parlant "d'APE, d'un millier d'yeux, de queue tordue". Alors que Marge est bien décidée à en savoir plus sur cette mystérieuse prémonition, Lisa fait le tour des maisons pour sensibiliser les habitants à la pollution du lac et rencontre un nouvel habitant Colin. Quant à Bart et Homer, ils s'occupent des taches à faire et la corvée tourne alors en gage à faire, Bart doit parcourir la ville nu comme un ver. Bart relève le défi et est arrêté par la police, Homer nie sa responsabilité au grand dam de son fils. Bart est relâché et va ensuite manger avec son père. Homer rencontre dans le fast-food Krusty un Cochon qu'il sauve de la mort, il décide de le ramener à la maison.
Marge, horrifiée, fait le rapprochement entre la queue tordue du cochon et la prémonition du grand-père Simpson et est sûre que le cochon va provoquer une catastrophe. Bart qui en veut toujours à son père, constate qu'il passe après le cochon, alors qu'il les regardent de la fenêtre de sa chambre, il est interrompu par Ned Flanders qui prend de ses nouvelles. Les deux voisins se rapprochent et partent à la pêche ensemble le lendemain.
Lisa organise une réunion en présence de tous les habitants pour prévenir une nouvelle fois des dangers de la pollution du lac, le maire Joe Quimby interdit alors aux habitants de jeter le moindre déchet dans le lac. Il construit un muret pour protéger le lac.
Pendant ce temps, Homer s'occupe de son cochon, Marge constate que le silo contenant les déjections du cochon est plein, elle demande à Homer d'aller s'en débarrasser proprement.
Alors qu'Homer fait la queue à l'usine de traitement, Lenny Leonard l'appelle et lui dit qu'une boutique de donuts vient de fermer et que les stocks restant son distribués aux clients et qu'il n'y en a presque plus. Homer fait donc demi tour et décide d'aller se débarrasser du silo dans le lac provoquant un niveau de pollution record du lac. L'agence de protection de l'environnement et son patron Russ Cargill décident avec Arnold Schwarzenegger une mesure pour protéger les Etats-Unis de la pollution du lac, un dôme de verre est alors installé sur la ville, les coupant du reste du monde.Russ Cargill informe les habitants qu'un déchet a été jeté dans le lac.
Alors que tout le monde cherche qui est le coupable, le journal télévisé du soir commence et Kent Brockman révèle que la police a trouvé un silo appartenant à Homer Simpson a été retrouvé dans le lac. Lisa est folle de rage contre son père mais la famille voit les habitants au loin brandir des torches, bien décidés à s'occuper du responsable.
Ned Flanders essaye de les aider, la famille croit s'enfuir grâce à la voiture mais ils se rendent compte que les villageois portent la voiture, la famille se réfugit dans la cabane dans l'arbre. Maggie saute dans l'ancien puits et sort du dôme, le reste de la famille la suit et les Simpson se retrouvent donc à l'extérieur du dôme. L'APE les pourchassent et la famille part en cavale pour finalement se retrouver en Alaska. Mais Marge a envie de rentrer et part avec les enfants sauver Springfield en laissant Homer en Alaska. Seul, Homer décide de quitter l'Alaska pour rattraper sa famille et sauver Springfield.